Ο Χριστιανισμός διαδόθηκε στις Κυκλάδες ήδη από τον 3^ο μ.Χ. αιώνα. Αυτό φαίνεται από την χριστιανική Κατακόμβη της Μήλου, όπως και από την ίδρυση της πρώτης Επισκοπής των Κυκλάδων, της «Επισκοπής Δήλου» τον 4^ο αιώνα.

Η Σύρος κατ’ αρχάς υπήχθη υπό την «Επισκοπή της Δήλου». Αργότερα υπήχθη στην «Επισκοπή Κέας και Κύθνου», υπαγομένη και αυτή στην «Αρχιεπισκοπή Αθηνών» μέχρι το 1204.

Το 1537 επανεσυστάθη η «Επισκοπή Κέας, Κύθνου και Σύρας». Το 1621 υπήχθη στην «Αρχιεπισκοπή Ανδρου» μέχρι το 1833. Το 1833 ονομάσθηκε Επισκοπή Σύρου με τα νησιά Σύρο, Τήνο, Ανδρο, Μύκονο, Δήλο και Αμοργό.

Αργότερα, η Επισκοπή Σύρου έλαβε την ονομασία «Επισκοπή Κυκλάδων». Το 1922 η Επισκοπή Σύρου προήχθη σε Μητρόπολη με τα νησιά Σύρο, Τήνο, Ανδρο, Μύκονο, Κέα, Κύθνο, Σέριφο, Σίφνο, Κίμωλο, Μήλο, Σίκινο, Φολέγανδρο και Δήλο.