Ο Ιερός τούτος Ναός ευρίσκεται εις την πρωτεύουσα του νησιού την Απολλωνία ή Σταυρί και είναι εκτισμένος εις τα ερείπια ενός άλλου μικρού εκκλησάκι με την αυτήν ονομασίαν και από κάποια ένδειξιν φθάνει τουλάχιστον το έτος 1700 και πριν και είχε σχήμα Βασιλικής.

Το έτος 1893 και συγκεκριμένα προς το τέλος του, η διορισμένη ενοριακή επιτροπή πήρε απόφασιν δια την κατεδάφισιν του παλαιού Ναού και ανοικοδόμηση, στη συνέχεια του νέου.

Τον Ιούλιο του 1897, μία Κυριακή σε μια πάνδημη και πασίχαρη ατμόσφαιρα, με την παρουσία όλου σχεδόν του Ιερού Κλήρου της Σίφνου και των αρχών του νησιού έγινε ο επίσημος Αγιασμός κι η κατάθεσις του θεμελίου λίθου δια την ανέγερσιν του νέου Ναού του Αγίου Σπυρίδωνος Απολλωνίας.

Η αρχιτεκτονική του Ι. Ναού είναι το σχέδιον εν μικρογραφία του Ιερού Ναού Αγ. Νικολάου Ερμουπόλεως Σύρου. Ο Ναός του Αγίου Σπυρίδωνος είναι Βυζαντινόρρυθμος σταυροειδής με τρούλλο και δύο κωδωνοστάσια, όχι όμως τόσο ψηλά, σαν του Αγ. Νικολάου Σύρου. Οι διαστάσεις κατόψεως, στον εσωτερικόν χώρον είναι: Μήκος 19,50 μέτρα και πλάτος 9,40/12,60 στο εμπρόσθιο μέρος προ του Ιερού. Οι εξωτερικές διαστάσεις είναι: Μήκος 24,80/12,90 και 14,00 το ύψος του άνω μέρους σταυροειδούς θόλου είναι περίπου 12,70 μ. ενώ μαζί με τον τρούλλο φθάνει περίπου τα 17,00μ., επίσης η ελευθέρα επιφάνεια κατόψεως του εσωτερικού του Ναού είναι περίπου 190 μ2, ενώ η ολική εξωτερική επιφάνεια κατόψεως είναι γύρω στα 280τ.μ.

Την Κυριακή 10 Δεκεμβρίου του έτους 1900 ετελέσθη παρισταμένου σύμπαντος του Ιερού Κλήρου Μ. Εσπερινός και εν συνεχεία αγιασμός εις τον νεόδμητον και μεγαλοπρεπή Ναόν του Αγίου Σπυρίδωνος Απολλωνίας και έκτοτε ήρχισεν η λειτουργία του.

Την Κυριακήν δε του έτους 1909 έγιναν τα εγκαίνια του Ιερού Ναού από τον επιφανή Επίσκοπον Σύρου κ.λ.π. ΑΘΑΝΑΣΙΟΝ ΛΕΒΕΝΤΟΠΟΥΛΟΝ.

Τέλος, ο Ιερός ούτος Ναός είναι ο Μητροπολιτικός Ναός του νησιού και εις αυτόν τελούνται όλαι αι δοξολογίαι και ό,τι άλλον επίσημον γεγονός ήθελεν λάβει χώραν εις την Σίφνον.