Η σημερινή εκκλησία του Αγίου Νικολάου Τρυπητής Μήλου, κτίστηκε με σχέδιο όμοιο προς εκείνο του Αγίου Νικολάου Σύρου, το 1880, στη θέση ενός παλαιότερου μικρού ναού, και λειτούργησε αργότερα, και μάλλον το 1890. Περιέχει σπουδαίες εικόνες μεταφερμένες από την μεσαιωνική και εγκαταληφθείσα τον 18^ο αιώνα, πρωτεύουσα το νησιού την Παλαιά Χώρα, όπως ορισμένα εξαίρετα έργα του Εμμανουήλ Σκορδίλη, (17^ου αιώνα) και κάποια άλλα της Κρητικής Σχολής. Αλλες εικόνες και ιδίως στο τέμπλο, ανήκουν στον Ιωάννη Γλυστρίδη, που τις φιλοτέχνησε το 1898 έως και 1890. Το τέμπλο του είναι μαρμάρινο, ένα πολύ καλό έργο του Τηνίου μαρμαρογλύπτη Γ. Καπαριά, το έτος 1898, ενώ την διακόσμηση του ναού έκανε αρχικά ο ζωγράφος Γεώργιος Παρασκευάς, το 1930, και ο Αναστάσιος Κουφός την δεκαετία του `70. Η εκκλησία διαθέτει και ωραία ξυλόγλυπτα, όπως ένα παλαιό εικονοστάσι του 17^ου αιώνα, ένα άλλο του Γ. Ι. Λαουτάρη το 1895, ένα δεσποτικό του ίδίου ξυλόγλυπτη του αυτού έτους, και έναν άμβωνα του Μηλιού Εμμ. Μαρκαντώνη, του 1938. Λόγω της γειτονίας της εκκλησίας με τις Κατακόμβες της Μήλου, ο ναός συνδέεται και με τις εορτές που αφορούν το μνημείο. Το ένα από τα δύο καμπαναριά του φέρει ωρολόγιο πόλεως, δωρεά αποδήμου, το 1925. Εφημέριος της ενορίας, ο πρωτοπρεσβύτερος Γιαννούλης Μαρκαντώνης.

Εκδηλώσεις

Πάντοτε, κατά τις εκδηλώσεις στην εορτή των Κατακομβών, γίνεται η Θεία Λειτουργία στον Αγιο Νικόλαο ενώ μετά τον εσπερινό, που γίνεται στο Ιερό Σπήλαιο, οργανώνεται κάποια εκδήλωση στην αυλή της εκκλησίας. Συνήθως μουσικοχορευτική. Επίσης η ενορία οργανώνει εκδρομές κάθε χρόνο εντός και εκτός της Ελλάδος, με στόχο την επίσκεψη σε θρησκευτικά κέντρα και προσκυνήματα.

Εκδόσεις

Η ενορία Αγίου Νικολάου, εκδίδει το εβδομαδιαίο περιοδικό «Αρχονταρίκι» που τυπώνεται σε φωτοτυπικό μηχάνημα, διανέμεται σε όλες τις εκκλησίες του νησιού και περιέχει επίκαιρα θρησκευτικά κείμενα. Το 2002 εξέδωσε και ένα έγχρωμο βιβλίο 64 σελίδων, με τον τίτλο «0 Ιερός Ναός Αγίου Νικολάου Τρυπητής», που περιλαμβάνει το ιστορικό του ναού, και περιγραφή του εσωτερικού του διακόσμου.