Ο Ιερός Ναός της Παναγίας των Δύο Χωρίων Τήνου, τρίκλητη Βασιλική αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος κατά τον τύπο πολλών Εκκλησιών του νησιού,υπήρχε σε μικρότερες διαστάσεις σ' αυτόν τον τόπο περί την μεσοβυζαντινή περίοδο.(Χάρη Μιχ. Κουτελάκη:ΤΗΝΟΣ ΑΡΧΑΙΑ ΚΑΙ ΧΡΙΣΤΙΑΝΙΚΗ σελ.275-276).Σ' αυτό συναινεί το γεγονός ότι τα Δυό Χωριά, είναι από τα παλαιότερα Μεσαιωνικά χωριά του νησιού, δυο οικισμοί που υπήρχαν απο την αρχαιότητα(Γεωργίου Ι.Δώριζα σελ.120-121) που σιγά-σιγά ενώθηκαν σε ένα.
Πρώτη γραπτή αναφορά για το ναό της Παναγίας στα Δυό χωριά, υπάρχει μόλις στα 1700,όταν στα χρόνια της Ενετοκρατίας που η Εκκλησιαστική Διοίκηση και των ορθοδόξων ήταν μέσω του πρωτοπαπά στα χέρια του επισκόπου της καθολικής Εκκλησίας,συντάχθηκε κτηματολόγιο -όχι πλήρες -των εκκλησιών τηςΤήνου, ο κώδικας 4.Γι' αυτό το ναό όμως, μιλάνε και τα κομμάτια από το μαρμάρινο τέμπλο του,που σήμερα βρίσκονται επανεντοιχισμένα ή επαναχρησιμοποιημ! ένα στην πρόσοψη του σημερινού ναού,στο καμπαναριό του,στο παρακείμενο πρώτο κοιμητήριο,στην βάση του καμπαναριού του άλλου ενοριακού ναού -του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στο <<πάνω χωριό>> κι αλλού.(Αλέκου Ε.Φλωράκη. Μαρμάρινα Λαϊκά Τέμπλα της Τήνου. σελ.115 κ.ε.).Η σχεδιαστική ανασύστασή του (όπ σχ.230) κατέδειξε ότι αντιστοιχούσε στο μεσαίο κλίτος -του ίδιου με το σημερινό εύρους του Ναού της Παναγίας.
Ο Ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου καταγράφεται ως καθέδρα με εφημέριο τον << παπα Γεώργιο Τεσύπρη>>(Δεσύπρη) το 1828 στην απογραφή των ορθοδόξων Εκκλησιών που έγινε με εντολή του μακαριστού Μητροπολίτη Γαβριήλ του Κρητός. Εκείνα τα χρόνια η Τήνος είχε 39.000 κατοίκους απο τους οποίους οι 20.000 πρόσφυγες απο την Ευρωπαϊκή και την Ασιατική Τουρκία,και τα Δυό Χωριά ήταν το πολυπληθέστερο χωριό της περιοχής (Αντώνιος Μοσχάτος:Γοτίγγη 1855, περί νήσου Τήνου) με 180 σπίτια και 900 κατοίκουςΈίναι εύλογο ότι γύρω στο 1840 αποφασίστηκε και έγινε ανακαίνισ! η του Ναού, με διεύρυνση στα δύο πλαϊνά κλίτη και επέκτασή του κατα μήκος.Η τελευταία ανακαίνιση του Ναού της Παναγίας στα Δυό Χωριά έγινε το 1972 χωρίς επέμβαση στο μέγεθος και την μορφή του,όταν υποστηρίχθηκε έναντι διαφαινόμενης καθιζήσεως κατά την πρόσοψη, με την δημιουργία παρεκκλησίου των Αγίων Κοσμά του Αιτωλού και Νεκταρίου Αιγίνης υπό την στάθμη του προεκταθέντος προαυλίου του.
Από χρόνια πολλά ο Ιερός Ναός πάντοτε αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου,πανηγυρίζει την Παρασκευή του Πάσχα της Ζωοδόχου Πηγής-για να μην συμπίπτει η γιορτή με την πανήγυρη της Μεγαλόχαρης που επικαλύπτει τον τοπικό εορτασμό,κάτι που ισχύει και για άλλους Ενοριακούς Ναούς.
